اختلاف قرائات گاهی در حکم فقهی تاثیرگذار است. برخی از این موارد که در آثار علوم قرآنی ذکر شده چنین است:

۱. نقض (باطل شدن) یا عدم نقض وضوی ملموس (علاوه بر نقض وضوی لامس که قدر متیقن از مدلول آیه است) بنابر اختلاف قرائت در: "لمستم" و "لامستم" (در آیه ۴۳ سوره نساء)؛

۲. جواز وطی حائض به محض انقطاع دم یا مشروط بودن به غسل بعد از انقطاع، بنابر اختلاف قرائت در: "حتی یطهرن" (در آیه ۲۲۲ سوره بقره)؛ 

۳. وجوب یا عدم وجوب سجده هنگام تلاوت یا استماع آیه ۲۵ سوره نمل : (الا یسجدوا لله الذی یخرج الخبء فی السماوات والارض ویعلم ما تخفون وما تعلنون)، بنابر اختلاف قرائت در تشدید یا تخفیف لام در«الا».